當前我國農業生產中，因勞動力老齡化導致飼養禽畜少、有機肥源少，種田幾乎全用化肥。化肥成本低、見效快，對農業生產起到了較好的增產作用。這造成現在農業的施肥結構中，化肥用量逐年增加，用肥成本不斷上升，土壤的供肥能力逐漸弱化。而在化肥的經營與應用中，還有一些不可忽視的問題。
對農資經銷商而言，一是農資經營門檻過低，村里副食經營點沒有農資經營許可證都可以隨便買賣肥料，甚至有個人趕著騾馬車拉著化肥直接到村叫賣，既串貨又殺價，市場極為混亂；二是化肥品種雜亂，同質化嚴重，比如養分配比相同的復合肥料僅僅換一種包裝就可賣出不同的價錢；三是個別企業用養分總含量的模糊概念欺騙農民，特別是在生物有機復合肥料中將有機質、微量元素與大量元素加在一起，，實際上氮、磷、鉀等大量元素的含量很低；四是資金壓力大，農民經常賒欠肥料款，一般鄉鎮農資經銷商銷售2000噸化肥的賒欠款達200余萬元。
對農民而言，一是擔心買到劣質肥料，如不法商販在紅色鉀肥里摻入紅磚粉沫；二是農村老年、婦女勞力多，要求肥料見效快，施用方法越簡單越好；三是對于土壤肥力嚴重下降的問題，很少有人考慮改良。
為了改進肥料經營環境、促進土壤結構的改良。工商、農業主管部門盡快整頓肥料銷售市場，規范經營秩序，堅決打擊違法經營行為；嚴格監控肥料商品質量，嚴查嚴罰假冒偽劣肥料；農業主管部門要制定合理配方施肥方案、倡導多積多造有機肥、推廣生物有機復合肥，培肥土壤地力，增強農業生產后勁。
