由于化肥農藥零增長政策、政府補貼力度的加大、農民對生物有機肥認識的改變、提高種植業產品品質等因素使得生物有機肥迎來前所未有的發展機遇，生物有機肥生產隊伍初步形成。生物有機肥對提高農產品質量作用最明顯、保持土壤健康最長久，可滿足農業持續發展的生態需求，是農業廢棄物資源化有效途徑，資源消耗少，成本最低廉。
生物有機肥對土壤的保健作用體現在保水、保肥、保溫、保氣（不板結，不沙化，無鹽堿）等方面，并可以提供完善的植物營養成分（必要的化學元素，含碳小分子活性物質）和完善的土壤生態結構。可利用微生物解決土壤重金屬超標的問題。減少農田重金屬總量是一個漫長和耗資的過程，土壤重金屬不能降解，可以利用微生物進行活化。微生物活化礦質營養元素的同時，存在活化共生重金屬的可能，微生物可以吸附與鈍化土壤中的重金屬，從而減少植株中的重金屬。
檢測生物有機肥的質量，最簡單直觀的檢測方法便是感官測定???深咖啡色、無臭、帶有泥土味的便質量合格。另一種簡單的方法是盛水玻璃杯檢測法：將肥料放入水中，上層漂浮物越多、下層沉淀物越少越好，切中層透明咖啡色。
生物有機肥料行業目前也存在問題。企業方面，菌種生產企業與肥料生產企業脫節、與化肥企業缺少協調發展的結合點是行業難點，導致生物有機肥產品質量參差不齊。
