50多年來，中國化肥價格機制經歷了從完全計劃經濟、計劃經濟向市場經濟過渡到市場經濟的演進歷程。
20世紀50年代到60年代中期，化肥價格由國家統一計劃，集中管理；20世紀60年代中期到70年代末期，化肥實行地方管理，差額調撥；20世紀70年代末期到80年代初期，化肥實行統一計劃，分級管理；20世紀80年代初期到1988年，化肥價格雙軌制，計劃價格外市場調節；1988～1992年，化肥專營和綜合銷售價格；1993～1998年，計劃為主，市場調節為輔；1998～2008年，政府指導下的市場形成化肥價格機制；2009年1月25日，市場為主的化肥價格機制。
l998年11月16日，國務院出臺《關于深化化肥流通體制改革的通知》。這標志著化肥流通體制由計劃經濟體制向市場經濟體制轉變。l998年12月16日，國家計委發布了《國家計委關于進一步改革化肥價格管理辦法的通知》，建立政府指導下主要由市場形成化肥價格的機制。
2004年7月12日，國家發改委《關于進一步做好化肥供應工作穩定化肥價格的緊急通知》中規定，合成氨年生產能力在30萬噸以上的氮肥生產企業尿素出廠價格，仍實行政府指導價，中準價為每噸1400元，最高上浮幅度不得超過10%，下浮不限。
2005年國家發改委出臺限價措施。從７月１日起，對尿素生產企業的出廠限價（１５００元／噸±１０％）的范圍，從年產合成氨能力為３０萬噸以上擴大為１５萬噸以上的生產企業。
2006年發改委、財政部共同出臺《關于做好2006年化肥生產供應和價格調控工作的通知》，將尿素出廠政府指導價上浮幅度由10%提高到15%；下浮不限；進口鉀肥港口交貨價格，由政府定價改為政府指導價，上浮幅度為3%、下浮不限。對化肥批發和零售，從出廠到零售的綜合經營差率原則上不得超過7%。
2007年延續了2006年的限價政策。
國家發改委2008年1月22日發出通知，要求各地價格主管部門加強化肥價格監管，穩定化肥價格。
2009年1月24日，國家發改委、財政部聯合下發《關于改革化肥價格形成機制的通知》，從1月25日開始，化肥出廠價等由政府指導改為市場調節。
