6月30日鐵道部下發通知，決定自7月1日起，適當調整鐵路化肥整車運價。新運價變更為：基價1為6．40元／噸，基價2為0．0378元／噸公里。
以運距1000公里計算，1噸化肥的新運價比舊運價要高9．3元，運距越長，增加的運費越多。有資料顯示，全國化肥平均運輸距離約為500公里，以此計算，鐵路運價平均要提高5．65元／噸。而這次運價調整，只對化肥一個品種進行調整，其他貨物都沒有調整。主要原因就是鐵路部門對化肥運價一直實行優惠政策，化肥運價偏低，相關部門要對化肥鐵路運價進行理順，逐步縮小同其他貨物的差距，使整個鐵路運價體系更科學、更合理，這實際上也是化肥市場化改革內容的一部分。
就整體而言，目前鐵路部門仍然繼續對化肥運輸實行優惠政策，只不過優惠幅度有所減小罷了。化肥運價目前在所有貨物的運價中仍然是比較低的，另外仍然免征鐵路建設基金，這是對化肥行業的最大優惠，如果不免征鐵路建設基金，化肥鐵路運價基本上要在現有運價上翻番。
2005年7月國家發改委出臺《改革和完善化肥價格調控機制的方案(草案)》，提出化肥市場化改革的目標是“一直補兩取消”(取消限價，取消優惠政策，直補農民)，近幾年一直在向這個方向努力。直補農民從2006年就開始實施了，建立了農資綜合直補制度；今年1月24日國家發改委、財政部聯合下發了《關于改革化肥價格形成機制的通知》，除進口鉀肥外的所有化肥限價均被取消，三個目標中實現了兩個。本來按道理化肥優惠政策也要取消了，但國家為了扶持化肥行業發展，在1月24日的化肥價格形成機制改革方案中，明確提出對化肥企業的電價、氣價、運價、稅收優惠暫不取消，這是對化肥行業的最大支持。
但優惠政策暫不取消并不等于永遠不取消。由于長期以來國家一直對化肥行業實行優惠政策，導致有些化肥企業得了“優惠政策依賴癥”，習慣于依靠國家優惠政策過日子，躺在優惠政策上睡大覺。現在這些企業該醒醒了，這次鐵路運價調整只針對化肥行業就給這些人敲了警鐘，化肥優惠政策是會越來越少的，最終都要全部取消，這一天遲早是要到來的。鐵路運價調整，有人就把它稱為“溫水煮青蛙式的上漲”——調整的頻次比較多，但每次上漲的幅度都不大，去年7月1日調了，今年7月1日也調了，以后是否會每年的7月1日都會調整不知道，但總體而言，化肥鐵路運價是會越來越高，這點是毫無疑問的。
從目前的情況看，完全取消化肥各種優惠政策可能還有一個比較長的過程，但對化肥企業而言，提前做好準備很有必要，要減少對優惠政策的依賴，苦練內功，大力降低生產成本，不斷提高產品質量，提高市場競爭力，多為農民生產價廉物美的優質化肥，為農業生產發展、國家糧食安全作出積極貢獻。
