對于現行的肥料登記管理辦法和正在征求意見的《條例》，大家爭議的焦點和反映最強烈的又是什么呢？
2004 年8月份，農業部公布《肥料管理條例》（征求意見稿）時，中國磷肥工業協會在征求了部分企業和省化肥協會的意見后就提出了意見，報給了國家發改委、商務部等單位。后來《肥料管理條例》（送審稿）出臺后，2006年2月28日，中國磷肥工業協會在征求各方面的意見后，又向國務院法制辦公室遞交了對農業部《肥料管理條例（送審稿）》的意見（以下簡稱《意見》）。《意見》旗幟鮮明地指出送審的《條例》是《肥料登記管理辦法》的擴充和翻版，其中的內容引起了眾多化肥生產企業和營銷單位的意見和爭議，并認為這個條例是以登記為核心、以收繳和罰款為重點的辦法，不符合“行政許可法”，缺乏必要性和科學性。
其中反映最突出的就是要求對生產工藝成熟、化學組成穩定，多年證明無毒無害的化學肥料，特別是復合（混）肥料要求免于登記。協會認為：“以氮、磷、鉀為基礎的化肥（氮肥、磷肥、鉀肥、復合肥及以它們為原料生產的復混肥料）經國內外農業長期使用，其肥效、安全性、毒性得到長期、廣泛、充分的證明和公認，屬于安全、有效的化肥品種，與農藥、獸藥有本質的區別。而且，很多復混肥料的配方又是農業部門、農業專家提出的，再花費大量的人力、物力、財力對化肥進行登記，是一種資源浪費。”
此外磷肥中的過磷酸鈣、鈣鎂磷肥、復混肥料（復合肥料）等化肥產品是國家強制實行生產許可證管理的產品，沒有生產許可證不允許生產和銷售。《條例》中的要求已在生產許可證中充分體現，并且更加嚴格、全面、成熟和規范，生產許可證一證管理完全可滿足生產管理、質量管理的需求。并且自1994年以來，國家一直對復混肥料產品實施強制性國家標準管理，2008年摻混肥料（BB肥）又單獨制定了強制性國家標準。因此中國磷肥工業協會認為，這些肥種有標準控制和生產許可證管理即可，沒有必要再進行登記管理。
協會認為，如果按《條例》規定執行，不僅不利于肥料行業的發展和科學施肥的推行，而且多頭管理，會增加企業的負擔，影響企業的生產經營，同時執行起來也很難做到公正、公平，容易產生腐敗。
據了解，目前全國有效的復混肥料生產許可證持證企業達4000多家。記者在采訪過程中，許多復合肥企業和復混肥企業也對此表達了強烈的不滿。反映最多的是復合（混）肥每個配方都要登記、異地備案、臨時登記和正式登記等問題。美盛化肥(煙臺)有限公司副總經理王紅霞認為，BB肥企業的特色就是根據土地養分和作物營養需要生產出不同配方的肥料，這也和當前國家提出的測土配方施肥要求相一致，應該大力提倡才是。但是現在每個配方都必須作一個登記，對BB肥企業的發展極為不利。美盛公司目前差不多有上百個配方，每年花在這上面的費用就是幾十萬元。而且大多數省份一年只辦兩次登記，有的一年還只辦一次，所以企業必須在半年前就為未來要銷售的肥料作出登記才行，不然即使研發出了新的產品也不能面市，對BB肥企業形成了很大制約。
而煙臺五洲施得富肥料有限公司總經理王學江則多次反映說：“BB肥的優勢就在于配方靈活,這樣一品一證弄得證書一大摞，花費巨大；此外企業拿到登記證后，要憑登記證到各銷售地一一備案，并將登記證和備案證大量復印，發放到各級經銷商手中備查。而花費更大的是產品包裝袋。按登記辦法規定要一證一號，即一個品種必須對應一個包裝印刷雕版，登記證到期和證號改變，原有的包裝袋、單價近萬元的印刷雕版都要跟著變。”
自2004年國家大力支持農業部門開展測土配方施肥工作以來，為滿足施肥的需要，復混肥料（BB肥）生產廠家產品配方數量大幅增加。按《肥料登記管理辦法》的要求，每個不同的新配方都要到省級農業主管部門登記，取得登記證后還要逐個到所要銷售的省份備案。接受采訪的復混肥料生產企業都表示，這些新配方大都是農業部門根據測土結果提供的，再到農業部門登記、備案，是一種明顯不合理的要求，希望農業部能盡快修改肥料登記管理辦法，將復混肥料（BB肥）列入免于登記的肥料產品目錄。
磷肥協會也在《意見》中明確提出要求取消對化學肥料的登記，只對有機肥料、含微量元素肥料、中量元素肥料、微生物肥料、土壤調理劑、床土調酸劑等沒有國家標準和行業標準的新型肥料進行登記。
