在我國，有機肥發展的前景非常廣闊，其中最重要的一點就是我國資源豐富，為有機肥產業化發展提供可持續的原料供應：一是人類及動物排泄物；二是農作物秸稈；三是其它有機肥資源，如農副產品深加工及工業企業廢棄物、部分城市垃圾等。同時，從環保角度看，環保政策支持有機肥產業的發展：比如垃圾污染、水體富營養化等，很多和以上廢棄物的處理不當有關。其次，高品質生活對高品質消費品也有需求：優質的有機肥可有效提高作物的品質。優質有機肥不僅含有植物所需的氮、磷、鉀等大量元素，也含有植物所需的鉬、鋅、鐵、銅等微量元素，被稱之緩釋性的完全性肥料。
前景固然廣闊，但有機肥的發展也有不利因素。比如說有機肥質量標準不易量化的問題：化肥有固定的成份，在標準方面比較容易界定，而有機肥在發酵程度、有害寄生蟲數量、病源菌、雜草種子及有害的有機酸、有害氣體、重金屬等很難進行量化，這是有機肥質量標準制定的主要障礙。農戶在有機肥施用方面也存在盲目性和不合理性，施用作物和地域不平衡等因素都不利于有機肥行業的發展。
有機肥行業的發展需要盡快制定行業標準，以利于產品推廣和產業規模化發展、施用方面的機械化發展；另外，建立行業標準可有效維護行業安全，防止坑農害農事件的發生。
同時還要對新技術、新產品的開發加大投入力度；有機肥產業應該提高技術含量；再次，有機肥產業與相關產業的結合發展壯大提高自己；建立相關組織進行規范、引導行業發展是很有必要的。最后，有必要規范或建立有機肥原料收集、管理機制。商品化的有機肥和有機—無機復混肥的研發、生產與利用將是未來市場的主導。在各種不可再生資源的消耗過程中，有機原料卻是取之不盡的，有機原料部分替代無機原料用于制造生產肥料是一種必然。但是在市場化經濟條件下，單單依靠市場的推廣及生產廠家的宣傳是遠遠不夠的，還必須有國家的一些相關政策扶持。
