我國化肥行業目前所處的困境是內外部因素交織的結果：外部因素主要是嚴格且不穩定的國家限制出口政策，以及化肥生產所需的能源和原材料價格的大幅上漲；內部因素是多年來積累的深層次矛盾日益凸顯出來，原料結構較為單一、生產成本較高、產業集中度較低、技術水平不高等問題長期懸而未決。因此，要實現化肥產業發展方式的根本轉變，不但要解決行業當前發展中遇到的困難，更應著眼于解決行業發展的深層次矛盾。
突破資源瓶頸
提高保障能力
能源、資源瓶頸一直是化肥行業生存和發展的嚴重制約因素，化肥行業的經濟效益受能源價格與硫資源價格的影響極大，化肥行業應當從根本上解決制約行業發展的問題。如鼓勵能源企業與化肥企業實現上下游一體化經營，加強硫資源的回收和鉀資源的勘探等，從而提高化肥企業的資源保障能力。
由于國際鉀肥供應端的寡頭控制，造成國內鉀肥價格大幅上漲，我國農民為此每年要多支出200多億元。我國一定要下大力氣打破鉀肥壟斷，除加快國內鉀肥項目建設外，還應鼓勵企業走出國門開發境外資源。對此，國家應該制定明確的政策。
加大支持力度
加快技術改造
化肥項目效益不高，企業投資搞技改的積極性相應較低。國家應加大財政資金的支持力度，鼓勵企業加快原料結構調整等的技術改造力度。自2004年以來，我國已陸續安排了一批化肥行業結構調整項目，有效地提高了低成本化肥的供應能力。今后，我國還應再接再厲給予重點支持，加快推動化肥行業的技術改造步伐。
我國化肥行業在多年來消化吸收引進技術的基礎上，已初步具備了自主創新和自我發展的能力。“十五”及“十一五”期間，隨著大型技術裝備國產化和氮肥原料路線改造、低品位磷礦利用、鹽湖鹵水提鉀等工業化試點工作的展開，我國化肥行業已經實現了年產30萬噸合成氨、80萬噸硫酸、30萬噸磷酸、60萬噸磷銨、100萬噸氯化鉀等大型成套技術裝備國產化的目標。在化肥裝置的技術改造方面，我國開發了新型氣化、變換、凈化、合成、尿素改造等多種新技術和催化劑，改造技術居世界領先水平。目前，世界上沒有任何一個國家具有我國豐富的化肥生產、技術開發、工程設計和技術改造經驗。我國化肥產業已具備了“中國特色、世界水平”，有能力向國外輸出化肥技術和裝備，并已成功邁出國門。
但是，我國在新型氣化爐的開發方面還存在很多問題，主要是國內裝備制造能力較弱，有些設備質量不過關、容易損壞，設計、施工、操作等方面也缺乏經驗，影響了示范工程的穩定運行。對此，國家應加大支持力度，支持國產新技術的研究和開發，力爭在2011年前實現大型粉煤氣化制合成氨的國產化。
提高儲備規模
實施兼并重組
化肥領域現有的商業儲備是遠遠不夠的，必須開展國家化肥儲備。要將化肥儲備提高到與糧食儲備相當的地位，建立千萬噸級的國家化肥儲備能力，使其占化肥總產能的20%左右。此外，國家化肥儲備還應考慮利用生產企業和流通系統的儲存能力，以優化資源利用。
此外，對于化肥產業，還應鼓勵能源生產、化肥生產、化肥營銷等部門的兼并重組，力爭在“十二五”期間，在化肥行業內形成幾個上下游一體化、具有較強影響力的綜合性化肥企業集團。同時，淘汰一批落后化肥產能。但是，對于落后企業的退出，國家應有補償機制，如環保指標有償轉讓、化肥產能指標轉讓等措施，通過市場機制促進企業的兼并重組。
