去年調查時，企業關注的重心是國內的通貨膨脹和國際的人民幣匯率波動，前者是出于對成本上漲的擔心，而后者則預示了出口環境的惡化。今年的調查表明，從宏觀經濟來說，通脹引發的成本上升確已成為困擾企業發展的第二大因素。
除了成本因素，63家受訪企業（占調查總樣本的61%）認為，導致行業目前發展困難的首要原因是產能過剩，這是引發無序競爭和行業利潤縮水的根源。緊隨其后的困難是成本上升，共有61家企業選擇了此項，占比為59%。排在第三位的是假冒偽劣對行業的干擾，53家企業對此認同，占比為51%。其他三項按照重要性次序依次是關稅政策、資金緊張和節能減排。
在對企業發展遇到的困難調查中，與去年相比，有兩點重要變化。
一是節能減排對企業的影響沒有去年大。今年雖然西南天然氣緊張、山西等地正在限電，但這些影響與去年的全國性的限電相比，還只是區域性的，影響相對較小。從目前相關機構發布的數據看，下半年全國尿素、二銨等化肥產量還是呈增長趨勢。
二是假冒偽劣成了眾多企業喊打的對象。調查中，很多生產企業對市場充斥劣質產品表達了不滿。據湖北三寧化工股份有限公司一位業務員稱，目前在陜西大荔縣、華陰縣、臨渭區等地假冒產品泛濫。而在對這些假冒橫行的原因進行分析時，很多企業將源頭指向了監管部門。
湖北鄂中化工有限公司一位銷售員認為，客觀上，現在很多假冒偽劣產品不通過正常渠道銷售，確實給監管部門增加了打擊的難度，但個別地方執法部門也存在頻繁抽查外地企業、對本地企業包庇的現象。同時，目前的農資監管由于是多個部門聯合執法，也給企業增加了不少額外負擔。
除了以上六大困難，有些企業還提出了新型肥料在研發和推廣過程暴露出來的一些亂象。山東明化控釋肥料有限公司周涌經理認為，一些企業對新產品認識片面，很多產品不能從實際出發，熱衷于炒作概念。
