堆肥的傳統功能包括直接作用于作物營養和間接改土培肥，堆肥新功能的開發具有重要意義。堆肥新功能具有三大特點：通過調控土壤微生態預防病蟲害；保水控肥，水肥齊調；通過緩釋、促釋進行雙向控釋，從而達到養分動態平衡。企業支持對堆肥的研發，可以把握技術制高點，搶先進行技術創新與集成，物化于產品。同時，堆肥性價比高、市場競爭力強，有助于企業拋開對手、建立藍海戰略，找準經濟增長點。
在堆肥新功能中還有一個亮點，即對廢物資源進行開發。可循環利用的廢物有5類：食品加工廢物，包括糖廠、酒精廠、味精廠的廢液、廢渣、濾泥；造紙廠的廢液、廢渣；食用菌渣、土霉素渣；市政污泥、餐廚污泥；以及秸稈、水葫蘆（水浮蓮）。前期可采用脫水、除臭、酸堿中和，有機污染物降解（使用雞糞抗生素、 POPs），養分平衡——縱向橫向平衡等方法對廢物進行處理。處理廢物也需要開發思路、揚長避短，用酸堿、干濕等方法以廢治廢。在處理污泥時需要克服脫水新技術。
植物生長過程中，番茄青枯病、香蕉黃葉病、姜瘟、黃瓜枯萎病、煙草花葉病等土傳病害經常會造成連作障礙，并且用藥難治。目前通常使用的方法是化學防治和抗病育種。化學防治主要使用噴施殺菌劑、土壤熏蒸等方法，但缺點是效果差，造成環境污染，病原菌抗藥性，降低作物品質，危及食品安全。抗病育種同樣耗時長，投入高，且抗病能力易受土壤環境變化及病菌變異而波動。因此，急需新技術進行生態調控、施肥防病。
堆肥的新功能在很多方面得到拓展。堆肥具有營養功能，調釋放速率、緩釋，促釋雙向調控；保水功能，施肥保水，水肥一體化調控；技術目標，增效減量、節支(資、能)、降污。技術創新可以達到新原料的創新，可利用濾泥、污泥、廢液等工農業廢棄物以及磷、鎂、鉀等低品位礦。加工技術得到創新。傳統工藝包括高溫高壓、強酸加工，但需要使用高檔原料，耗能較高，水溶性較高，因此有效性前高厚底；而新工藝科則采用溫和反應，可適度水溶，做到持續施肥，達到更好的效果。
